Każdy rolnik oraz hodowca prowadzący hodowlę ekologiczną zwierząt doskonale zdaje sobie sprawę jak wielu wymagań musi dopełnić, aby móc funkcjonować na rynku. Jeśli chodzi o zwierzęta to wymagania są tutaj bardzo wysokie. Przede wszystkim trzeba umiejętnie dobrać gatunki oraz rasy zwierząt. Robi się to na podstawie warunków lokalnych. Nie każde zwierzę będzie się dobrze czuło w określonych warunkach. Większość zwierząt hodowlanych to zwierzęta stadne. Należy im zatem zapewnić odpowiednią wielkość stada. Zwierzęta trzeba dobrać w taki sposób, aby produkcja była zadowalająca. Nie musi być od razu rekordowa. W hodowlach ekologicznych nie dopuszcza się zwierząt, które zostały wyhodowane za pośrednictwem inżynierii genetycznej. Zwierzęta, które utrzymywane są w gospodarstwach ekologicznych muszą pochodzić z atestowanych gospodarstw. Od tej reguły są oczywiście pewne wyjątki. Dotyczą one głównie piskląt jednodniowych, kurcząt do dziesiątego tygodnia życia oraz cieląt do dwudziestego ósmego dnia życia.
Opracowano także konkretne zasady dotyczące utrzymania zwierząt. Zwierzęta w hodowli ekologicznej muszą być utrzymywane w taki sposób, który będzie umożliwiał im prawidłowy oraz bezstresowy rozwój. Trzeba także wziąć tutaj pod uwagę liczebność utrzymywanych przez hodowcę zwierząt. Każde zwierzę musi mieć możliwość ruchu. Mowa tutaj zarówno o budynku jak i o pastwiskach. Nie można przez cały czas trzymać zwierząt w pomieszczeniach zamkniętych. Nie można także ich wiązać w żaden sposób. W budynkach, w których trzymane są zwierzęta musi być cały czas zapewniona wentylacja naturalna oraz światło dziennę. Trzeba także budynek zabezpieczyć przez skrajnymi temperaturami oraz wiatrem. Hodując zwierzęta należy liczyć się także z tym, że budynek oraz miejsce musi być dostosowane do danego gatunku. Musi mieć miejsce przeznaczone do wypoczynku. Miejsca muszą być wyposażone w określone przyrządy.
Każde zwierzę w hodowli ekologicznej powinno mieć zapewniony stały dostęp do wody pitnej oraz do paszy. Tego nie ma w zwykłych hodowlach. Oprócz tego w budynkach nie można w żaden sposób przechowywać materiałów toksycznych. Jeśli w budynku wymagane jest sztuczne przedłużanie oświetlenia to należy pamiętać o tym, że nie może ono trwać dłużej niż szesnaście godzin. Wówczas u zwierząt może bowiem wystąpić zaburzenie rytmu dnia. Nie zezwala się także naruszanie ciała zwierząt. Jednak tutaj istnieją małe wyjątki. Można na przykład znakować zwierzęta w stadach, skracać ogony jagniąt które nie żyją dłużej niż czternaście dni, kastrować knury do dwudziestu ośmiu dni oraz zakładać kółka nosowe buhajkom. Zakazane jest natomiast prowadzenie jakiejkolwiek tresury lub też walk zwierząt. W hodowli ekologicznej istotną rolę odgrywa także żywienie zwierząt. Pożywienie ma przede wszystkim pomóc w utrzymaniu zwierząt w dobrej kondycji. Ma zostać także zapewniona optymalna produkcja. Pasza, która jest podawana zwierzętom powinna być jak najlepszej jakości. Pasza musi pochodzić z gospodarstwa. Jeśli nie ma takiej możliwości to musi ona zostać zakupiona w innym, ekologicznym gospodarstwie rolnym. Hodowca nie ma innego wyjścia. W innym przypadku może stracić status ekologicznego.